Outils
Les logiciels que nous développons pour mesurer la physiologie du cerveau sont publiés librement sur GitHub, afin que d’autres laboratoires puissent reproduire nos travaux et les utiliser dans leurs propres études.
VeinSeg : segmentation des veines cérébrales
Les veines transportent le sang désoxygéné : les cartographier avec précision est la première étape pour mesurer la quantité d’oxygène extraite par le cerveau (OEF). VeinSeg est un outil d’apprentissage profond 3D qui segmente les veines cérébrales à partir d’une carte QSM ou R2*.
- Entraîné sur des données multicentriques à 3T et 7T, avec cinq méthodes de reconstruction QSM (TGV, MEDI, L1, STAR, iLSQR) et le R2*
- Fondé sur la physique : l’entraînement combine Dice et entropie croisée avec une perte de cohérence du champ dipolaire et une perte de vascularité de Frangi
- Une seule image en entrée; en sortie, un masque binaire des veines et une carte de probabilité
pip install veinseg-qsm
veinseg -i qsm.nii.gz -r tgv -f 7t -o mask.nii.gz -p prob.nii.gz
À venir
Nous préparons la publication d’autres chaînes de traitement, dont des outils pour cartographier l’extraction (OEF) et le métabolisme (CMRO2) de l’oxygène, et pour séparer les signatures magnétiques des veines, du fer et de la myéline. Suivez-nous sur GitHub pour être informés de leur sortie.
